As primeiras ações conjuntas relacionadas à Bioinformática na UFPR
iniciaram no ano de 2005 com a colaboração entre o Núcleo de Fixação de Nitrogênio
(NFN) do Departamento de Bioquímica e Biologia Molecular (Setor de Ciências Biológicas)
e o curso de Tecnologia em Sistemas de Informação (Setor de Educação Profissional e
Tecnológica). O NFN já mantinha um laboratório de Bioinformática desde 2001, criado
para análise e sequenciamento do "Projeto Genoma do Paraná", contando com
infraestrutura para geração de dados nas áreas de genômica, transcriptômica, proteômica e
metagenômica. Estas iniciativas permitiram o desenvolvimento de habilidades na aplicação
de técnicas de Inteligência Artificial (IA) para montagem, fechamento e anotação de
genomas de procariotos, resultando em experiência para lidar com armazenamento,
recuperação, processamento e análise de dados moleculares.
Com o estabelecimento permanente da colaboração e a crescente demanda por profissionais
capacitados em análise de dados moleculares, em 2009 foi criado o Programa de
Pós-graduação em Bioinformática da UFPR, sendo o primeiro na região sul e o terceiro
no país. Atualmente o programa é formado por pesquisadores de diversas áreas
e departamentos da UFPR, bem como colaboradores de outras instituições.