No final de semana passado (24 a 26 de Abril), alunos do Programa de Pós-graduação em Bioinformática da UFPR participaram do evento remoto Copenhagen Bioinformatics Hackathon 2020, na modalidade: “Variant Pathogenicity Prediction” e logram êxito ao ganharem a categoria “People’s Choice” sendo os mais votados pelos demais participantes nessa modalidade.
A equipe Trekkers foi formada pelos mestrandos Camila P. Perico, Gregorio G. Lombardi, Monique Schreiner e Selma S. C. de Andrade e pela mestre Mariane G. Kulik (egressa do PPG em Bioinformática). Em apenas 45 horas, a equipe desenvolveu um método para classificação de variantes do genoma em patogênicas e inofensivas, com o uso de inteligência artificial a partir de dados de estabilidade de proteínas.
Os participantes relataram como foi o evento: “Como qualquer hackathon, este foi um grande desafio. Tivemos de entender um problema, idealizar uma solução e aplicá-lo em um tempo extremamente limitado”. Os alunos também relataram que, além da programação em si, adequar-se ao formato da competição apenas on-line e em outro fuso-horário elevou o grau de dificuldade do desafio.
O evento teve participação de 32 equipes, com mais de 170 participantes de 20 nacionalidades e 8 desafios distintos. O resultado dos desafios está disponível na plataforma Biolib.
Além dos desafios, o evento contou com uma modalidade de tema livre na qual a bioinformata iMariane G. Kulik apresentou sobre a ferramenta SWeeP, desenvolvida pelos pesquisadores do Laboratório de Inteligência Artificial Aplicada à Bioinformática, e sua utilização como solução para a análise e a construção de árvores filogenética.
O SWeeP se destaca dentre as ferramentas já existentes pela sua capacidade de manipular um volume muito maior de dados (genomas completos) e em pouco tempo, permitindo o estudo da evolução e da relação entre os organismos em grande escala, além do uso dos dados para aprendizado de máquina.
Link para a apresentação da cerimônia de encerramento https://docs.google.com/presentation/d/1GRLwjcbVSuwxO5rfDBVkOjOSQgiVcgtz8AhrzdVQi04/edit#slide=id.p (também disponível em PDF).